Esta sub-región constituye el piso vegetacional superior del desierto, encontrándose en las laderas occidentales de la Cordillera de los Andes entre los 1.800 y 3.500m s.n.m., entre la I y la III región.

Dentro de la sub-región del Desierto Andino se pueden reconocer 6 formaciones vegetales:

1.- MATORRAL DESÉRTICO CON SUCULENTAS COLUMNARES

2.- DESIERTO DE LOS ALUVIONES

3.- DESIERTO DE LA CUENCA SUPERIOR DEL RÍO LOA

4.- DESIERTO MONTANO DE LA CORDILLERA DE DOMEYKO

5.- DESIERTO ESTEPARIO DE EL SALVADOR

6.- DESIERTO DEL SALAR DE ATACAMA